Mei no Naisho се върти около живота на главния герой Mei Haruna, женствено младо момче, което е отгледано от майка си вещица като момиче и винаги се е смятало за жена. Майка му беше единственото семейство, което имаше, така че след смъртта си той се прехвърля в гимназия за момичета и идва да живее в общежитието на училището с говорещия си познат котарак Абел и съквартиранта му Фуука Хонжу, който също е член на комисията по обществени нрави. Малко след пристигането си в училище, новите му приятели откриват след магически показ в банята на общежитието, че той всъщност е мъж, макар че това е доста шокиращо за него, въпреки че е наясно с физическите различия между него и нормалните момичета. Въпреки че е открит и след полезна намеса на извратения президент на ученическия съвет, директорът на училището решава, че може да остане в училището. На следващия ден Мей идва на училище с Фуука и се извинява, че крие факта, че е бил вещица, и информира останалите как той очевидно е мъж. Останалите ученици бързо го приемат за свой и са впечатлени как може да използва магия.
